Amennyiben egy vállalkozás áfás és áfamentes tevékenységet is végez, akkor a bejövő számlák esetében meg kell állapítani, hogy az azokon szereplő tétel melyik tevékenységgel kapcsolatban merült fel. Az áfás tevékenységhez tartozó bejövő számlák áfatartalma 100%-ban levonásba helyezhető, az áfamentes tevékenységhez tartozó számlák áfatartalma pedig egyáltalán nem helyezhető levonásba.
A gyakorlatban szinte mindig előfordulnak olyan költségek is, amelyekről nem egyértelműen eldönthető, hogy melyik tevékenységgel kapcsolatban merültek fel, illetve egyszerre mindkét tevékenységhez kapcsolódnak. (Például könyvelési díj.) Ebben az esetben olyan arányban vonható le az áfa, amilyen arányú az áfás bevétel az összes bevételhez viszonyítva.
Példa: Egy vállalkozásnak informatikai szolgáltatásból nettó 1 millió Ft + áfa bevétele, míg ingatlan bérbadásból 600 ezer Ft áfamentes bevétele keletkezett. A könyvelési díja 100 000 Ft + 27 000 Ft áfa. Ebben az esetben az áfás bevétel aránya az összes bevételhez viszonyítva 62,5% (1 millió / (1 milió + 600 ezer). Ebben az esetben a vállalkozás 16 875 Ft (27 ezer*0,625) áfát helyezhet levonásba a könyvelési díjból.
Az adózó ugyanakkor nem csak árbevétel alapon végezheti el az áfa arányosítását, hanem más alátámasztható adatok alapján is, pl. egy ingatlanbérleti díj áfáját meg lehet osztani négyzetméterarányosan is, azaz olyan arányban vonjuk le az áfát, amilyen arányban az ingatlant áfaköteles tevékenységhez használjuk.
