Figyelem! Az átalányadózás és az áfa nem zárják ki egymást. Az áfa speciális szabályaira az átalányadó rendszerében is figyelemmel kell lennünk.
Így ha alanyi áfamentes átalányadózóként Közösségi adóalanynak (vagyis olyan másik tagállamban bejegyzett adóalanynak, aki rendelkezik közösségi adószámmal) nyújtunk szolgáltatást, akkor erre a szolgáltatásra nem vonatkozik az alanyi mentesség, ebben az esetben nem járhatunk el alanyi mentes minőségben. Ennek megfelelően a kiállított számlán fel kell tüntetnünk a vevő közösségi adószámát, valamint a fordított adózás kifejezést, és a számlát 0 %-os áfa-kulccsal kell elkészítenünk.
A szolgáltatásnyújtásról természetesen ÁFA bevallást is kötelesek vagyunk benyújtani a NAV felé, havi rendszerességgel. Azokra a hónapokra, amikor nem nyújtottunk közösségi partnernek szolgáltatást, szerencsére nem kell bevallást beadni. Így könnyen előfordulhat, hogy egy évben pl. csak 2 hónapban adunk be ÁFA bevallást, mert csak 2 hónapban nyújtottunk ilyen jellegű szolgáltatást.
Bevallási, sőt, befizetési kötelezettségünk fordított helyzetben is keletkezhet. Ha alanyi adómentes átalányadózók vagyunk, és közösségi partnertől veszünk igénybe szolgáltatást, amiről a partner fordított áfás számlát állít ki, akkor a fizetendő áfát mi valljuk be a magyar adóhatóság felé, de mivel alanyi ÁFA mentesek vagyunk, az összeget nem helyezhetjük levonásba. Így végeredményben nekünk kell megfizetni a számla áfa-tartalmát.