A két számla közötti alapvető különbség az, hogy míg a hagyományos számlát ki kell nyomtatni, illetve adott esetben postázni a partner részére, addig az e-számlát elektronikus úton kell kibocsátani és a befogadása is ily módon történik.
Az e-számlát kibocsátáskor ellátják egy digitális aláírással, amely a számla hitelességét és eredetiségét igazolja, illetve tartalmaz egy időbélyeget is, ami pontosan jelöli, hogy a számla mikor lett létrehozva. Kézbesítésnél a program elküldi a bizonylatot a vevő megadott e-mail címére.
Figyelem: a PDF-be nyomtatott, e-mailen kiküldött számla nem minősül automatikusan e-számlának!